Microbiote intestinal et santé mentale

Actualité créée le mercredi 11 mars 2026
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Le 10 mars 2026, la CPTS a organisé une soirée thématique consacrée aux liens entre microbiote intestinal et santé mentale. Cette rencontre a réuni 36 participants, professionnels de santé et acteurs du territoire, venus échanger autour des avancées scientifiques dans ce domaine en pleine évolution.

L’intervention était animée par Joël Doré, directeur de recherche à l’INRAE (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement) et à l’Université Paris-Saclay, aujourd’hui retraité mais toujours très engagé dans la diffusion des connaissances sur le microbiote intestinal. Spécialiste reconnu internationalement, il a consacré plus de 40 ans de recherche à l’étude des interactions entre microbiote, alimentation et santé.

20260310 Soirée Microbiote CPTS Vitry 4.jpgComprendre le microbiote intestinal

Le microbiote intestinal correspond à l’ensemble des micro-organismes vivant dans notre intestin. Ces bactéries, levures et autres micro-organismes jouent un rôle important dans de nombreuses fonctions de l’organisme, notamment la digestion de certaines fibres alimentaires, la production de molécules utiles à notre corps, la régulation du système immunitaire et la protection contre certains micro-organismes extérieurs.

L'axe intestin-cerveau : un dialogue permanent

Au cours de son intervention, Joël Doré a également rappelé que ces micro-organismes participent à la communication entre différents organes, notamment avec le cerveau. On parle aujourd’hui d’axe intestin-cerveau pour décrire ces interactions permanentes entre le système digestif et le système nerveux.

Le microbiote commence à se développer dès la naissance et se construit progressivement sous l’influence de nombreux facteurs, notamment l’alimentation, les médicaments, le stress, l’âge ou encore le mode de vie. Même s’il reste relativement stable au cours de la vie, il peut évoluer en fonction de ces différents éléments.

Microbiote et dépression

La dépression constitue aujourd’hui un enjeu majeur de santé publique. Selon Santé publique France, un Français sur six a souffert de dépression au cours des douze derniers mois en 2024.

Joël Doré a rappelé que la dépression ne concerne pas uniquement le système nerveux. Plusieurs systèmes biologiques sont impliqués, notamment le système immunitaire, le système hormonal et le fonctionnement intestinal. Les recherches montrent notamment une coexistence fréquente entre dépression et troubles fonctionnels gastro-intestinaux, comme le syndrome de l’intestin irritable.

De nombreuses études mettent en évidence des différences dans la composition du microbiote intestinal entre les personnes souffrant de dépression et celles en bonne santé. Les travaux récents suggèrent également des interactions étroites entre microbiote, système immunitaire et cerveau.

Toutefois, ces observations reposent principalement sur des associations et ne permettent pas toujours d’établir un lien de causalité direct. Des recherches expérimentales, notamment à partir de modèles animaux ou de transferts de microbiote, suggèrent néanmoins que l’altération du microbiote pourrait contribuer à certains mécanismes impliqués dans les troubles anxieux ou dépressifs.

Des pistes de prévention centrées sur le mode de vie

Plusieurs leviers d’action ont été évoqués pour préserver ou restaurer un bon équilibre entre l’humain et son microbiote :

  • une alimentation variée et riche en fibres ;
  • une place importante donnée aux fruits et légumes ;
  • un apport en polyphénols, vitamines et minéraux ;
  • la consommation d’aliments fermentés ;
  • une activité physique régulière ;
  • une bonne gestion du stress ;
  • un sommeil de qualité.

Le régime méditerranéen a été particulièrement mis en avant comme modèle alimentaire favorable à la santé globale et potentiellement bénéfique pour la santé mentale.

Joël Doré a également présenté plusieurs pistes de recherche et d’innovation :

  • des approches nutritionnelles ciblées ;
  • l’utilisation de probiotiques, prébiotiques et postbiotiques ;
  • des stratégies combinées visant à agir à la fois sur le microbiote, l’inflammation et la perméabilité intestinale.

Il a également évoqué le projet de recherche French Gut, qui vise à recruter 100 000 volontaires en France afin de mieux comprendre les variations du microbiote intestinal dans la population et d’ouvrir la voie à de nouvelles approches préventives et thérapeutiques.
👉 Plus d’informations : LeFrenchGut

 

20260310 Soirée Microbiote CPTS Vitry 2.jpgDes échanges riches avec les participants

La soirée s’est poursuivie par un temps d’échanges entre Joël Doré et les participants, permettant d’aborder des questions scientifiques mais aussi très concrètes en lien avec la pratique des professionnels de santé et les enjeux de prévention.

Un microbiote unique pour chaque individu

Première question posée : avons-nous tous le même microbiote ?
Joël Doré a expliqué que chaque personne possède un microbiote qui lui est propre, comparable à une empreinte biologique.

En moyenne, une personne héberge environ 300 espèces bactériennes différentes dans son intestin, dont seule une petite partie est largement partagée entre les individus.

Malgré ces différences de composition, les fonctions assurées par le microbiote restent globalement similaires d’une personne à l’autre. Il a également précisé que le microbiote d’un individu est relativement stable dans le temps, sauf en cas de modifications importantes comme un changement alimentaire majeur, certains traitements médicamenteux ou une intervention médicale.

Dépression et troubles digestifs : des liens fréquents

Plusieurs participants ont souligné que la dépression peut avoir des origines très diverses. Joël Doré a confirmé cette complexité.

Certaines présentent également des symptômes digestifs, tandis que d’autres non. Les données scientifiques évoquent une coexistence d’environ 30 % entre dépression et troubles fonctionnels intestinaux, notamment le syndrome de l’intestin irritable. La présence de symptômes digestifs peut ainsi constituer un indice d’une altération de la relation entre l’organisme et son microbiote.

Il a toutefois rappelé que la recherche ne permet pas encore de déterminer clairement ce qui apparaît en premier entre les troubles digestifs et les troubles de l’humeur.

Que conseiller concrètement aux patients ?

Interrogé sur les recommandations à donner en pratique, Joël Doré a insisté sur l’importance d’une alimentation diversifiée. Les différentes fibres alimentaires nourrissent des bactéries différentes dans l’intestin, et la diversité des aliments consommés favorise ainsi la diversité du microbiote.

Il a notamment évoqué l’intérêt de consommer une grande variété de fruits et légumes, qui apportent différents types de fibres et de composés bénéfiques pour le microbiote.

Les compléments alimentaires (probiotiques, micronutriments) peuvent être utilisés dans certaines situations, mais ils ne remplacent pas les bases d’une alimentation équilibrée et d’un mode de vie favorable à la santé.

Favoriser l’accès à une alimentation favorable à la santé

Une question a également été posée sur les difficultés d’accès à une alimentation variée et de qualité pour une partie de la population, notamment pour les personnes disposant de moyens financiers limités. Les participants ont souligné que promouvoir une alimentation riche en fruits et légumes, bénéfique pour le microbiote, peut parfois se heurter à des contraintes économiques et sociales.

En réponse, les échanges ont mis en évidence l’importance des actions menées à l’échelle locale pour favoriser l’accès à une alimentation saine. Diane Doré, engagée dans la vie locale notamment au sein du Conseil local de l’environnement et du Projet Alimentaire Territorial (PAT), a apporté des éléments de réponse en évoquant le rôle du PAT dans la promotion d’une alimentation plus saine et accessible sur le territoire. Elle a notamment souligné l’importance de mobiliser les acteurs locaux, les établissements scolaires et la restauration collective pour encourager une alimentation plus diversifiée et davantage tournée vers les produits végétaux.

Le stress agit très vite sur l’intestin

Une participante a évoqué un phénomène bien connu : l’effet immédiat du stress sur le transit intestinal.

Joël Doré a expliqué que ce phénomène est lié aux hormones du stress, notamment le cortisol, qui peuvent modifier très rapidement le fonctionnement intestinal. Si ces situations restent ponctuelles, elles n’altèrent pas forcément durablement le microbiote. En revanche, un stress chronique peut progressivement perturber l’équilibre de la relation entre l’organisme et son microbiote.

Transmission du microbiote dès la naissance

La question du microbiote chez le nouveau-né a également été abordée. La naissance constitue un moment clé : une partie du microbiote de la mère est transmise à l’enfant lors de l’accouchement. Cependant, le microbiote continue de se construire pendant les premières années de vie, sous l’influence de l’environnement, de l’alimentation et des contacts avec l’entourage.

Certaines situations, comme une naissance par césarienne, peuvent modifier temporairement la composition du microbiote, mais celui-ci peut ensuite évoluer et se diversifier.

Des pistes de recherche dans de nombreuses maladies

Les participants ont également interrogé Joël Doré sur les liens entre microbiote et différentes pathologies : allergies, autisme, maladies neurologiques ou cancer.

Il a indiqué que la recherche progresse rapidement dans ces domaines et que de nombreuses études observent des différences de microbiote entre patients et personnes en bonne santé. Ces observations montrent des associations mais ne permettent pas toujours d’établir un lien de causalité direct.

Il a également évoqué des travaux montrant que le microbiote pourrait influencer la réponse à certains traitements, notamment les immunothérapies utilisées en cancérologie.

Probiotiques et antibiotiques 

Enfin, la question des probiotiques et des levures a été abordée, notamment lors de la prise d’antibiotiques.

Joël Doré a expliqué que certaines souches de probiotiques disposent de données scientifiques solides montrant qu’elles peuvent limiter les perturbations du microbiote liées aux antibiotiques. Il a notamment cité deux micro-organismes recommandés par l’Organisation mondiale de gastro-entérologie : la levure Saccharomyces boulardii (connue notamment sous le nom d’ultra levure) et la bactérie Lactobacillus rhamnosus GG.

Il a notamment cité deux micro-organismes recommandés par l’Organisation mondiale de gastro-entérologie : la levure Saccharomyces boulardii et la bactérie Lactobacillus rhamnosus GG. Ces deux micro-organismes peuvent contribuer à améliorer la résistance et la résilience du microbiote pendant une antibiothérapie.

 

Nous remercions chaleureusement Joël Doré pour la richesse de son intervention et la qualité des échanges. Nous remercions également Diane Doré, très engagée dans la vie locale, notamment au sein du Conseil local de l’environnement et du Projet Alimentaire Territorial (PAT), qui a également contribué aux échanges avec les participants en partageant son expérience et son implication sur ces sujets.

Retrouvez la présentation de Joël Doré en cliquant sur ce lien